Son père, fâché est embarrassé par le comportement de François, emprisonné.  En raison de sa captivité et d'une maladie grave son esprit a commencé à se tourner vers la religion, mais autour 1205 il a enrôlé dans une autre expédition militaire, à Apulia. Cependant, il a eu un rêve dans lequel Dieu l'a appelé à son service, et il est revenu à Assise et a commencé à s'occuper des malades. En 1206, il a eu une vision dans laquelle le Christ l'a appelé pour réparer son église. Francis a résolu à aller en ermite, et s'est consacré à réparer l'église.  . Francis a abandonné toutes ses droits et possessions, y compris ses vêtements. Deux ans après il a commencé à prêcher, et a été bientôt rejoint par plusieurs disciples.  Il leur a donné une règle courte et a reçu l'approbation du pape Innocent III pour la confrérie, que François a appelée "les moines mineurs". Les moines ont voyagé dans l'ensemble de l'Italie centrale  en prêchant . Dans sa vie et la prédication, François a souligné la simplicité et la pauvreté, se fondant sur la providence de Dieu plutôt que les marchandises mondaines. Les frères ont travaillé et  ont prié pour de ce qu'ils ont eu besoin pour vivre, et n'importe quel excédent a été donné aux pauvres. Son cadeau poétique Francois s'est tourné vers l'écriture des prières et des hymnes. En 1219, Francis a joint les croisés . Au fils des  temps la confrérie est devenue très grande, car  de plus en plus de personnes, attirées par la prédication et l'exemple de François, l'ont joint. La petite confrérie s'est développée dans un ordre important. Par la suite Francis a écrit une règle plus détaillée des franciscains. Il a renoncé à la conduite de l'ordre et est allé en montagne pour vivre dans la prière reculée. Pendant l'une de ses prières il a obtenu l'impression des stigmates, marques semblables à ceux des cinq blessures du Christ crucifiées. Il est retourné pour rendre visite aux franciscains, et Clara et ses soeurs, et quelques uns de ses amis sont restés avec lui. Il est mort en octobre 1226.